Hierna wordt het azijnzuur verder afgebroken tot 2CO2 met vorming van 2 ATP, 3NADH, 2H+ en FADH2. Ook hier is zuurstof nodig, dus ook deze reactie speelt zich af in de mitochondriën.
De totale reactie van de citroenzuurcyclus:
AcCoA + 3 NAD+ + FAD + GDP + Pi + 2 H2O ⟶ 2 CO2 + GTP + 3 NADH + 2 H+ + CoA + FADH2
Biologielessen legt de citroenzuurcyclus ook duidelijk uit: